Bonilla fue detenida la víspera y traslada a un centro penitenciario femenino en la capital.
Los abogados afirmaron que presentarán pruebas suficientes para demostrar la inocencia de la acusada, pero expertos opinan que no será fácil desvanecer los cargos imputados como asociación ilícita.
Las autoridades también investigan a la exprimera dama por la supuesta sustracción irregular de al menos 12 millones de lempiras (alrededor de 510 mil dólares) de la cuenta de su despacho para una personal, días antes del término del periodo presidencial de Lobo, en enero de 2014.
Además, la acusan por el desvió de 6,9 millones de lempiras (250 mil dólares) que serían utilizados en la compra de uniformes y calzados para niños hondureños.
El esposo de la hermana de Bonilla, Mauricio Mora, también se encuentra encarcelado y bajo investigación.
La Misión de Apoyo Contra la Corrupción y la Impunidad en Honduras de la OEA y la Unidad Fiscal Especial Contra la Impunidad y la Corrupción realizaron la pesquisa sobre Bonilla y otros funcionarios del gobierno.
Fabio Lobo, hijo del expresidente del derechista Partido Nacional, está preso en Estados Unidos por narcotráfico desde el año pasado.
